Si vous posséder déjà des souris et que vous souhaitez en intégrer une ou plusieurs nouvelles, l'intégration se fait en deux phases.

La quarantaine

Tout d'abord, il faut éviter tout contact entre vos souris et la nouvelle. Mettez la nouvelle souris dans une cage à part, loin des autres, si possible même dans une autre pièce. Cela permet d'éviter toute éventuelle contamination s'il se trouvait que la nouvelle venue soit malade ou porteuse de maladie. Il faut respecter un temps de quarentaine d'environ deux semaines avant de pouvoir passer à la phase suivante.

L'intégration

• L'approche : La phase d'intégration n'est valable que pour les femelles car les mâles vivent seuls. Il n'y a que de rares car où les mâles cohabitent sans problème et bien souvent ils proviennent de la même portée, donc pas de problème d'intégration dans ces cas là. Néanmoins, une fois la quarantaine terminée, vous pouvez placer la cage de la nouvelle souris proche des autres afin qu'elles puissent se sentir les unes les autres. Après quelques jours, vous pouvez également prendre une toute petite poignée de litière de chaque cage que vous déposerez respectivement dans l'autre cage. Ainsi, elles pourront encore mieux s'habituer à l'odeur étrangère. Cependant, cette astuce stresse certaines souris.
• La rencontre entre deux souris : Si vous n'avez que deux souris à se faire se rencontrer, vous pouvez, après 2-3 jours d'approche, les faire se rencontrer sur un terrain neutre, tel que la baignoire qui est l'endroit idéale pour les présentations (ne pas oubliez de boucher l'évacuation). Observez leur comportement, si tout se passe bien, vous pourrez alors les installer ensemble dans une cage nettoyée à grandes eaux afin qu'elle n'ait plus d'odeur particulière, pareil pour les accesoires (abreuvoir, gamelles, roue, jouets etc.).
• La rencontre d'une souris et d'un groupe : Si vous devez intégrer une souris à un groupe de souris déjà formé, l'idée est de faire se rencontrer les souris les unes après les autres. La nouvelle souris devra rencontrer l'une des "anciennes" dans un endroit neutre et si tout se passe bien, vous pourrez les installer ensemble dans une nouvelle cage. Ensuite, une troisième et quatrière souris pourront faire la rencontre de la nouvelle, en compagnie de "l'ancienne" déjà habituée à la nouvelle. Ainsi, elles seront deux souris face à deux, dont une qu'elles connaissent déjà. La rencontre devrait alors bien se passer. Une fois que vous avez procédé de cette façon avec chacune de vos souris, vous pourrez les installer ensemble dans une grande et même cage, après l'avoir astiqué de haut en bas afin qu'elle n'ait plus d'odeur, et fait pareil avec chaque accessoire (abreuvoir, gamelles, roue, jouets etc.).
• Les premiers temps : Vous risquez d'entendre quelques chamailleries et quelques couinements dans la cage, ce qui est parfaitement normal. Cela durera le temps qu'elles mettent en place leur hiérarchie. Gardez malgré tout un oeil sur la cage car il arrive que certaines femelles ne s'entendent pas, mais cela reste relativement rare.

Rencontre mâle / femelle

Lorsque l'on fait de la reproduction, il est évident qu'il faudra présenter un mâle à une femelle à un moment donné. Il ne faut en aucun cas mettre la femelle dans la cage du mâle. Il concidèrerait qu'un intrus a pénétré son territoire et qu'il se doit de le chasser, à coups de dents s'il le faut. Comme votre but n'est pas qu'ils se bagarrent mais bien qu'ils se reproduisent, préférez les faire se rencontrer dans un endroit neutre, la baignoire peut aller, mais également la future cage "nurserie" où la maman souris pourra faire son nid et mettre bas.